La membrane amniotique peut être utilisée dans un grand nombre d'indications:

• Symblépharon / reconstruction des cul de sac conjonctivaux
• Défauts épithéliaux persistants
• Insuffisance des cellules-souche limbiques
• Strabisme
• Bulle de filtration du glaucome
• Syndrome de Stevens-Johnson
• Kératopathie bulleuse (pour réduire la douleur lorsque la kératoplastie n’est pas viable).

Par contre, plusieurs limitations à l’utilisation et à l’éfficacité des greffes de membrane amniotique ont aussi été constatées: en abscence de larmes la greffe ne peut parfois pas réparer la surface oculaire, et en présence d'une réaction inflammatoire importante, la membrane amniotique peut être résorbée rapidement (autant comme implant greffé, que comme revêtement).

En ophtalmologie vétérinaire, de nombreux articles qui permettent d'évaluer l'utilisation des greffes de membrane amniotique ont été publiés, pour des cas d’ulcères de cornée, de keratomalacie, de dermoïdes, de kératopathie bulleuse, de perforations de la cornée et d’excision de tumeurs cornéo-limbiques chez les chiens et les chevaux, et du symblépharon et du séquestre de cornée chez les félins.